サザナ地方/スニノ地方/クルソ地方
エストアの村にたどり着いた主人公たちだったが、アイオスは学問都市に行ったきり行方不明だという。手がかりを失った主人公たちは、かつてメルクを主人公の父に売ったという商人を尋ねて、商業都市へと向かった。そしてメルクはある若者から商人に渡されたことと霧降の地という場所で発見されたことを知るのだった。
ゴトバ地方/ロガト山地/シュクル地方
霧降の地に入るための癒術士の大会に共に出てくれる癒術士が必要となった主人公たち。その矢先、訪れた村でラーテルと再会する。村に襲い来るモンスターたちを協力して癒した後、主人公はラーテルが癒術士を目指した理由とラーテルもまた大会へ出るつもりだということを知る。
クロスト大森林/クロスト地方/クロスト壁外
大会の会場であるクロストの地へやってきた一行。そこはモンスターに警戒と敵意を抱く壁の町だった。ラーテルとエルトに再会し、主人公たちは大会へと臨む。しかし、大会中に壁の向こうからモンスターたちが襲ってくるという予期せぬ事態が起き、主人公たちは協力してクロストの町を守ることに。また、そうしたクロストでの日々の中で、主人公は己の悩みに対してひとつの覚悟をしたのだった。
霧降の地/霧降の遺跡/霧降の遺跡・奥
大会で調査隊に選ばれた主人公たちは合流したヒイロと共に、霧降の地へと足を踏み入れる。そこで見つけたものは謎の地下遺跡となにかの荷物を背負ったエリアスの姿だった。しかし、エリアスから答えを聞き出すことはできず、さらに巨大なモンスターに襲われることに。霧の原因でもあったそのモンスター・ミストロールはどうやら遺跡を守っているようだった。
エンデ地方
霧降の遺跡からエンデの地へとエリアスを追った一行は、古の皇帝が癒術の原型・心術でモンスターを操ろうとして失敗したためにモンスターは人間を襲うようになったこと、皇帝の息子だったエリアスの目的はモンスターの始祖・フェニシャルルを癒すことであったと知る。そしてメルクは己がエリアスの姉・カラコリチアとフェニシャルルの心が合わさった存在だと気づき、主人公と共にフェニシャルルを癒す。